С применением инфракрасных камер в фотосепараторах появилась возможность определять материалы одинаковые по цвету, но разные по структуре. Такие как семена дикой редьки («коробочки») в светлой гречке, склероция в черной семечке, и подобные. Такой способностью обладают только полноценные инфракрасные камеры, работающие в определенном частотном диапазоне. Не следует путать их с так называемой инфракрасной подсветкой, когда оптическими элементами являются обыкновенные CCD камеры, а освещение материала производится лампами излучающие часть спектра в инфракрасном диапазоне.
На данный момент возможно комплектование инфракрасными камерами всей линейки фотосепараторов с CCD камерами, как монохромными, так и цветными.